Warownia dzierzgońska powstała po zniszczeniu przez plemiona pruskie zamku krzyżackiego na terenie dzisiejszej wsi Stary Dzierzgoń w połowie XIII wieku. Nowy zamek postanowiono wznieść kilka kilometrów dalej. Krzyżacy wykorzystali pruskie fortyfikacje do wzniesienia własnej strażnicy i bazy wypadowej do walk z Pomezanami i Pogezanami. Miejsce było znakomicie dobrane. Wydłużone wzgórze, o stromych zboczach z trzech stron, zostało podzielone przekopem na dwie części. Na obszerniejszej z nich – południowo-wschodniej – przed 1248 rokiem mistrz krajowy Henryk von Wid wzniósł główny zamek. Północno-zachodnią część, o łatwiejszym dostępie, zajęło podzamcze. Do nowej siedziby przeniesiono ośrodek władzy z sąsiedniej strażnicy w Starym Dzierzgoniu.

Zamek konwentu wzniesiono na planie regularnym, typowym dla budowli w państwie krzyżackim. W zabudowaniach mieściły się: kaplica, kapitularz, refektarz, dormitoria, infirmeria, łaźnie oraz mieszkanie komtura i skarbiec. Z dokumentów komtura dzierzgońskiego wynika, że działał tu swego rodzaju bank udzielający kredytów nawet mieszczanom gdańskim. W zamku znajdowały się też pomieszczenia gospodarcze, między innymi kuchnia, ale oczywiście większość funkcji gospodarczych przejęło podzamcze. Na jego terenie był karwan ( budynek mieszczący zbrojownię i wozownię ), poczta, stajnie, kuźnia, spichlerze. Wjazd na podzamcze prowadził od północnego-zachodu i umocniony był wieżą.

O znaczeniu przykładanym przez władze zakonne do Dzierzgonia świadczy fakt, że już rok po wzniesieniu zamku podejmowano w nim legata papieskiego. W ciągu XIII i XIV wieku warownia bywała oblegana, jednak atakujący nie mieli szans na pokonanie silnych fortyfikacji dobrze zaopatrzonego zamku. Znaczenie Dzierzgonia szybko wzrastało. Komturia była jedną z bogatszych w państwie krzyżackim, mieścił się tu drugi po Brodnicy magazyn zbożowy oraz jedne z największych stajnie. Szczególnie przed Wielką Wojną widać także coraz silniejsze wyposażenie arsenału.

W 1410 roku Władysław Jagiełło zdążając po wygranej bitwie grunwaldzkiej do Malborka zajął zamek dzierzgoński bez walk zdobywając ogromne łupy. Po pokoju toruńskim Dzierzgoń wrócił w ręce krzyżackie, ale w 1414 roku ponownie wojska polskie wkroczyły do miasta bez walki i po obrabowaniu zamku spaliły go. Z uszkodzonej siedziby w 1437 roku konwent przeniesiony został do Przezmarka. Pozbawiony opieki zamek zaczął niszczeć. Kiedy wybuchła wojna trzynastoletnia wojska Związku Pruskiego ponownie podłożyły ogień na zamku.

Po drugim pokoju toruńskim Dzierzgoń znalazł się w granicach Polski i w ocalałych budynkach zamkowych urządzono siedzibę starostwa. Mimo złego stanu zabudowań istniało ono tu dość długo. Jeszcze w 1611roku odbywały się w nich sądy grodzkie. Możliwe, że prowadzono na zamku prace budowlane, jednak w niewielkim zakresie, głównie zabezpieczające przed postępującą ruiną. W 1624 roku lustrator opisuje zabudowania jako zupełnie podupadłe, wykorzystywane były jednak nadal, a w 1664 roku kolejna lustracja mówi już o przechowywaniu ksiąg u mieszczan.

W 1689 roku część pomieszczeń wyremontowano i sąd grodzki powrócił na zamek, a dokumenty ponownie przechowywano w kaplicy. Pozostałe zabudowania, których remonty nie objęły, zostały w końcu XVII wieku rozebrane w celu pozyskania budulca na klasztor reformatów. W czasie pierwszego rozbioru Polski w 1772 roku z zamku do użytku nadawała się już tylko jedna komnata, a na przedzamczu stała jeszcze wieża przy bramie. Władze pruskie zdecydowały wtedy o opuszczeniu zamku, który w ciągu XIX wieku został całkowicie rozebrany. Wzgórze porosły krzaki i drzewa, obecnie widać tu jedynie ślady skarpowania i gruz kamienny.